देशातील हिंसक कृत्ये दिवसेंदिवस वाढत चालली होती. गृहखात्याने १९६७ पासून १९७० सालपर्यंतचे अहवाल प्रसिद्ध केले असून या सर्व हींसाचाराची, जातीय, भाषिक वा प्रादेशिक दंगलींची आकडेवारी दिली आणि त्यांचे विश्लेषण केले. यात विद्यार्थ्याच्या दंगलीचाही समावेश केलेला होता. जातीय दंगली अनेक ठिकाणी जनसंघ, रा. स्व. संघ इत्यादींच्या प्रचारामुळे झाल्याचे दाखवून दिले होते. यशवंतरावांनी त्यांच्या अनेक भाषणांत असा उल्लेख केला होता. काही ठिकाणी भाषेवरून दंगली झाल्या. या सर्व दंगलींचा आढावा घेताना केवळ कायदा व सुव्यवस्थेची दृष्टी चालणार नाही, तर सामाजिक व आर्थिक दृष्टीही हवी, यावर यशवंतरावांनी भर दिला होता. महाराष्ट्रात शिवसेनेचा जन्म झाला होता. तिने मराठी विरुद्ध बिगर मराठी हा वाद उपस्थित केला होता आणि यातच सीमावादही आणला. यशवंतरावांनी म्हटले होते की, शिवसेनेने घेतलेली भूमिका ही महाराष्ट्र राज्य स्थापन करण्यासाठी ज्या पक्षांनी काम केले, त्या कोणालाच मान्य होणारी नाही. सेनेने फासिस्ट प्रवृत्ती जोपासली असल्याचे मत यशवंतरावांनी मुंबईतच भाषणात सांगितले व लोकसभेतही तेच विचार मांडले. तरीही संसदेत त्यांच्यावर काहींनी सेनेला आतून सहानुभूती दाखवल्याची टीका केली, तेव्हा आपण सेनेसंबंधात महाराष्ट्रात जे बोलतो त्यास इथे दिल्लीत प्रसिद्धी मिळत नाही, पण आपल्यावर टीका होते तिला मात्र ती मिळते. अशी त्यांनी तक्रार केली. आंध्रमधील तेलंगण भागात स्वायत्ततेची मागणी जोर करत होती. काही मंत्र्यांनी त्यासाठी राजीनामेही दिले. आसामच्या धर्तीवर स्वायत्तता देण्याचा विचार यशवंतरावांपुढे होता. पण यामुळे अनेक राज्यांत उपराज्ये निर्माण करण्याची मागणी होऊन पुन्हा एकदा राजपुनर्रचनेचा प्रश्न निर्माण होईल, तेव्हा अशा अविकसित भागांच्या विकासावर लक्ष केंद्रित करणे योग्य; असे यशवंतरावांच्या मनाने घेतले.
नक्षलवादी हिंसाचार वाढत असल्याची यशवंतरावांनी संसदेत अनेकदा दखल घेतली. केंद्र सरकार व राज्य सरकार यांनी कमाल जमीनधाणेसंबंधात कायदे केले होते. पण ते सर्वच राज्यांत व सर्वच भागांत योग्य रीतीने अमलात येत होते असे नव्हे. नक्षलबारी हा असा भाग होता. यातून जमिनीसाठी आंदोलन सुरू झाले आणि सैद्धान्तिक विचारांच्या प्रभावामुळे ते हिंसक बनत गेले. बंगालच्या सरकारने नक्षलबारीतही जमीनवाटपाचे कायदे अमलात आणण्याचे खास उपाय केले. पण, नक्षलवाद हा पंथ झाला होता आणि चीनमध्ये माओने केलेल्या क्रांतीच्या धर्तीवर तो क्रांती करायला निघाला होता. मार्क्सवादी कम्युनिस्ट पक्षाने हा पंथ डोईजड झाल्यामुळे त्याच्याशी संबंध तोडले, पण त्यास उशीर झाला होता. या नक्षलवादी आंदोलनाचा अभ्यास यशवंतरावांनी गृहखात्यातर्फे करून घेतला होता. त्यांच्या खात्याशी संबंधित अशा संसदीय समितीला याची माहिती देताना, हा प्रश्न व्यापक दृष्टीकोन स्वीकारून हाताळावा लागेल हे त्यांनी स्पष्ट केले. पण त्याचबरोबर लोकांचे प्रश्न हाताळण्यास प्रतिबंध होणार नाही, पण जर कोणी बंडाचा, सशस्त्र उठावाचा मार्ग अवलंबणार असेल तर त्यास पायबंद घातला जाईल असा इशारा दिला. तथापि केंद्र सरकार कोणत्याही राज्यात कितपत हस्तक्षेप करू शकते यास घटनेने काही मर्यादा आवश्यक होते. पण त्याने ती टाकली नाहीत. बंगालमध्ये मार्क्सवादी कम्युनिस्ट पक्ष व नक्षलवादी यांच्यातील वाद वाढत गेला आणि २३ एप्रिल १९६९ रोजी नक्षलवाद्यांनी वेगळा पक्ष स्थापन केला आणि माओच्या शिकवणुकीप्रमाणे क्रांती करण्याचे त्याने जाहीर केले.
गृहमंत्री म्हणून यशवंतरावांच्या कामगिरीची प्रशंसा विरोधी पक्ष व अनेक वृत्तपत्रे करत होती, पण मंत्रिमंडळातील अधिकारासंबंधात समाधानी राहावे अशी परिस्थिती नव्हती. कारण एक दिवस इंदिरा गांधींनी गृहखात्यातील परराष्ट्र गुप्तहेर भाग, यशवंतराव गृहमंत्री असताना काढून घेऊन पंतप्रधानांच्या नियंत्रणाखाली आणला. यासंबंधात तेव्हा व नंतर काहींनी चर्चा केली आहे. यशवंतरावांनी जयंत लेले यांना सांगितलेली हकिगत अशी की, ते गृहमंत्री झाल्यानंतर त्यांनी, संरक्षणमंत्री असताना नेहरूंना गुप्तहेर यंत्रणांतर्फे जमणारी माहिती एका ठिकाणी म्हणजे पंतप्रधानांच्या नियंत्रणाखाली असावी असे जे सुचवले होते, त्या अनुरोधाने इंदिरा गांधींशी नव्या व्यवस्थेबद्दल बोलणे केले. त्यावर त्यांनी त्या टिपणाचे स्मरण दिले. यशवंतराव पूर्वीपेक्षा वेगळी भूमिका घेऊ शकत नव्हते. नंतर इंदिरा गांधींनी हालचाल सुरू केली आणि गृहखात्याचा गुप्तहेर विभाग आपल्या नियंत्रणाखाली आणला. संरक्षणमंत्री असताना यशवंतरावांचे जे मत झाले होते, त्यात गृहमंत्री हे जर राजकीय खाते आहे तर त्यास गुप्तहेर विभागाकडून येणा-या माहितीचा आधार हवा. म्हणजे कोणत्या माहितीचे विश्वेषण व्हायला पोहिजे, कोणत्या माहितीची अधिक छाननी व्हायला हवी. हे गृहमंत्री ठरवू शकेल. कोणी जर विश्लेषण करून टिपण दिले तर कोणत्या अंगासंबंधी अधिक संशोधन करण्याची गरज आहे, हे गृहमंत्री अधिक चांगल्या प्रकारे ठरवू शकेल. यशवंतरावांनी या संबंधीचे आपले मत इंदिरा गांधींना सांगितले, पण पंतप्रधानांनी तो विभाग स्वतःकडे घेतला. नंतर अर्थखात्याचाही असा विभाग इंदिरा गांधींनी आपल्या नियंत्रणाखाली आणला. या सगळ्याचा अर्थ काय, हे सर्वाच्याच लक्षात आले.
