तथापि हे वातावरण बिघडण्यास लगेचच सुरुवात झाली. संसदीय काँग्रेस पक्षाचे उपनेते एस. एन. मिश्र यांनी पक्षशिस्त मोडलेल्यांना कसलीच शिक्षा झाली नाही हे बरोबर नसल्याचे पत्रक काढले, तर पंतप्रधान ७२ सालच्या निवडणुकीपर्यंत अधिकारपदावर राहतील असेही वक्तव्य केले. मोरारजीभीईंना पुन्हा मंत्रिमंडळात घेऊन त्यांच्याकडे पूर्वी प्रमाणे खाती देण्याचा प्रश्न शिल्लक आहे, असेही त्यांनी म्हटले. इतक्यावरच हे न थांबता, कामराज यांनी सुब्रमण्यम यांना तामिळनाडूच्या प्रेदश काँग्रेस समितीचे अध्यक्षपद सोडण्यास भाग पाडले. ते पद गेले म्हणून निजलिंगप्पा यांनी सुब्रमण्यम यांना काँग्रेस कार्यकारिणीतून दूर केले. मग सुब्रमण्यम यांनी कामराज यांच्यावर टीका केली. गटाच्या स्वार्थासाठी पक्षाच्या हिताचा ते बळी देत असल्याचे सुब्रमण्याम यांनी म्हटले आणि राष्ट्रपतिपदाची निवड झाल्यानंतर इंदिरा गांधींना अधिकारावरून दूर करण्याचे डाव कामराज खेळत होते, असा आरोप केला. वातावरण या रीतीने बिघडत चालले असताना काँग्रेसच्या काही मुख्यमंत्र्यांनी तडजोडीचे प्रयत्न केले. निजलिंगप्पा यांनी ११ नोव्हेंबरला कार्यकारिणीची बैठक घेतली. तिला २१ पैकी ११ सभासद हजर होते. त्यांनी पंतप्रधानांना पक्षातून बाहेर काढण्याचा ठराव करून संसदीय काँग्रेस पक्षाने नवा नेता निवडावा, असे आवाहन केले. यशवंतरावांनी या ठरावावर टीक केली की, काही अल्प मतांतले लोक आपण म्हणजे काँग्रेस संघटना असे मानत आहेत.
बंगलोरला वरिष्ठ काँग्रेसनेत्यांत पडलेली फूट टाळणे शक्य होते काय. या प्रश्नाचे उत्तर शक्य होते, हे आहे. दोन्ही गटांच्या नेत्यांनी टोकाची भूमिका घेतली होती आणि एकमेकांबद्दल संशय इतका वाढला होता की, साध्या गोष्टीही काहीतरी भयंकर आहेत असे मानले जात होते. या दोन्ही गटांना एकत्र आणील अशी व्यक्ती नव्हती. इतका काळ लोटल्यानंतर असे वाटू लागते की, यशवंतरावांनी राष्ट्रपतिपदाच्या निवडणुकीनंतर एक मात्र खरे की, राष्ट्रपतिपदांच्या उमेदवाराच्या नावाबद्दल इंदिरा गांधी यांचाच काही निश्चय होत नव्हता.
सेठ गोविंददास यांनी जगजीवन राम यांना, गांधीशताब्दी वर्षात राष्ट्रपती करावे असी सूचना केली होती. यशवंतरावांना ती मान्य झाली. पण इंदिरा गांधींना कार्यकारिणीत आपली बाजू अल्पमतात जाईल असे वाटले. म्हणून त्यांनी गिरी यांच्याबद्दल मत अजमावण्यास सुरुवात केली आणि संजीव रेड्डी यांनाही उमेदवार म्हणून उभे राण्याची सूचना केली. मग आयत्या वेळी ज्यास सिंडिकेट म्हणून नाव पडले त्याचे रेड्डी उमेदवार असल्याचा त्यांनी ग्रह करून घेतला.
इंदिरा गांधी यांनी अखेरीस गिरी व जगजीवन राम यांची नावे सुचवली. मग त्यांनी हे प्रथमच केले असते तर एका कोणाची तरी निवड झाली असती. गिरी उपराष्ट्रपती होतेच आणि राष्ट्रपतीपदावर त्यांना बढती देणे हे एका रितीने रीतसर ही झाले असते. पण यशवंतराव व कामराज यांनी आपल्याला गिरी पसंत नसल्याचे सांगितले होते. मग जगजीवन राम यांच्या नावास यशवंतरावांनी संमती दिली असती तर कार्यकारिणीत फूट पाडल्याचा व बाजू बदलल्याचा आरोप त्यांच्यावर आला नसता. इंदिरा गांधींनी एकदा एक व दुस-या वेळी दुस-या उमेदवाराचा पुरस्कार केल्यामुळे आपल्याला राग आला होता, असे यशवंतराव लेले यांना दिलेल्या मुलाखतीत म्हणाले होते. त्यांच्यासारख्या शांत स्वभावाच्या नेत्याने हा राग आवरता घेऊन, पक्षाच्या एकतेला अधिक प्राधान्य देण्याची अपेक्षा होती. आज इतकी माहिती बाहेर आल्यानंतर इंदिरा गांधीपासून यशवंतरावांसह सर्व काँग्रेस नेत्यांनी अधिक समंजस भूमिका घ्यायला हवी होती, असे म्हणावेसे वाटते. उमेदवाराच्या निवडीचा निर्णय पुढे ढकलणे शक्य व इष्ट होते आणि इंदिरा गांधी बैठक तहकूब करण्याची मागणी करण्यास तयार नव्हत्या, तर यशवंतरावांनी ती करून फूट टाळण्याचे शेवटपर्यंत प्रयत्न केले असते तर बरे झाले असते.
पक्षांतर्गत वाद विकोपाला गेल्यामुळे पंतप्रधानांवर विश्वासदर्शक ठराव १३ नोव्हेंबर १९६९ रोजी संसदीय काँग्रेस पक्षाच्या बैठकीत मांडण्यात आला. तो यशवंतरावांनी मांडला. लोकसभा व राज्यसभा यांतील मिळून ४२९ सभासद होते. त्यांपैकी ३१० या बैठकीला हजर होते. त्यात लोकसभेचे २२० होते. यातल्या अडुसष्ट लोकसभा खासदारांनी ठरावाच्या विरुद्ध मतदान केले. संघटना (ओ) काँग्रेस आणि बैठक बोलावणारी (रिक्विझिशनिस्ट) अशी दोन पक्षांची नावे पडली. काँग्रेस पक्षात ही फूट पडल्यामुळे इंदिरा गांधींचे संसदेतील बहुमत घटून त्या अल्पमतात आल्या. परंतु कम्युनिस्ट व काही अपक्ष त्यांच्या बाजूने असल्यामुळे मंत्रिमंडळ बरखास्त होण्याची वेळ आली नाही. मग इंदिरा गांधींनी अखिल भारतीय काँग्रेस महासमितीची बैठक २२ नोव्हेंबरला दिल्लीत बोलावली. महासमितीच्या ७०५ सभासदांपैकी ४४६ जण तिला हजर होते. इंदिरा गांधींचे नेतृत्व मानणा-या काँग्रेसचे अधिवेशन मुंबईत भरवण्यात आले आणि जगजीवन राम यांची अध्यक्षपदी निवड झाली. यशवंतराव यांनी या वेळी पुरोगामी कार्यक्रम राबवण्यासाठी इंदिरा गांधींचे हात बळकट करण्याची ग्वाही, ‘मावळत्या सूर्याला साक्ष ठेवून’ दिली. या नंतर मार्च ७१ पासून १९७४ पर्यंत संजीवय्या, शंकर दयाळ शर्मा व देवकांत बरूआ हे अध्यक्षपदावर आले.