यशवंतराव दिल्लीला आले खरे, पण तेव्हा सरकारमध्ये व काँग्रेसच्या राजकारणात त्यांना विशेष महत्त्व देण्यात येत नव्हते हे अगदी स्पष्ट होते. सीमावर्ती सडकांच्या निर्मितीसाठी स्थापन झालेल्या संघटनेत कृष्ण मेनन यांच्या नावाचा समावेश करण्याता आला होता व चव्हाणांना समितीचे उपाध्यक्ष बनवण्याच्या ऐवजी ते पदच रद्द करून टाकण्यात आले होते. चव्हाणांच्या वर समन्वयमंत्री म्हणून टी.टी. कृष्णम्माचार्य यांना आणून बसवण्यात आले होते. ओरिसाचे मुख्यमंत्री बिजू पटनाईक यांना परराष्ट्रीय खात्यात एक स्वतंत्र खोली देण्यात आली होती. अशा रीतीने संरक्षणाच्या क्षेत्रात यशवंतरावांना विभागीय स्वायत्तता तर नव्हतीय मग खुद्द मुखत्यारी कोठून असणार ?
टी.टी. विरोधी पक्षाच्या काही खासदारांनी कृष्णम्माचारी, बिजू पटनाईक व कृष्ण मेनन यांच्या सरकारवर टीका केली व संरक्षणमंत्र्यांना जर विश्वासात घ्यायचे नसेल, त्यांच्यावर जर जबाबदारी टाकायची नसेल, संरक्षण प्रश्नांची चर्चा करण्यासाठी भारतात आलेल्या परदेशी पाहुण्यांना चव्हाणांना जर भेटूनही द्यायचे नसेल तर मग संरक्षणमंत्री हवेत तरी कशाला ? अशी पृच्छा विरोधी पक्षाच्या सभासदांनी केली. कोलंबो शक्तींचे प्रतिनिधी भारतात आले असताना ते सर्वांना भेटले. पण संरक्षणमंत्र्यांची व त्यांची भेट झाली नाही. अशी भेट आवश्यक आहे असे नेहरूंपासून कोणत्याच वरिष्ठ मंत्र्याला वाटले नाही.
विरोधी पक्षांनी यशवंतरावांना अडचणीत टाकणारे प्रश्न उपस्थित केले, त्यांना ''चढवण्याचा'' ही काही लोकांनी प्रयत्‍न केला. पण नेहरू जिवंत असताना यशवंतराव दबून राहात. तरीही संरक्षण खात्याच्या वरील चर्चांना कोणालाही न दुखवता यशवंतराव परिणामकारकरीत्या उत्तरे देत. एकदा राममनोहर लोहिया व यशवंतराव चव्हाण यांची समोरासमोर थोडीशी चकमक झाली. लोहियांनी खोचकपणे विचारले, ''भारतीय सैन्याचा तुम्ही इतका गौरव करीत आहात पण चीनबरोबर झालेल्या लढाईत आपल्या सैन्याने फक्त पळ काढला का काही चिनी सैनिकांना पकडले ?''
यशवंतरावांनी प्रश्नाचे उत्तर द्यायचे टाळले. लोहियांनी प्रश्नांची सरबत्ती चालू ठेवली, ''किती सैनिक पकडले, हजार, शंभर, एक डझन का एकही नाही ?''
यशवंतरावांनी स्तब्धता धारण करणे योग्य आहे असे मानले. कारण खरोखरच भारतीय सैन्याने एकही चिनी सैनिकाला पकडले नव्हते.
चीनबरोबरच्या लढाईत जरी भारताला नामुष्की पत्करावी लागली असली तरी पुढल्या दोन वर्षांत सैन्याची शिक्षण, नैतिक बळ व आधुनिक हत्यारे या दृष्टीने परिस्थिती खूपच सुधारली होती. १९६५ च्या संरक्षण खात्यावरील चर्चेच्या वेळी यशवंतरावांनी ''गेल्या दोन वर्षांत आम्ही गाजावाजा न करता चांगली तयारी केली आहे'' असे आत्मविश्वासाने सांगितले.
त्याच वर्षी शास्त्री पंतप्रधान असताना कच्छवर आक्रमण झाले व काही महिन्यांनंतर काश्मीरात पाकिस्तान्यांनी घुसखोरही घुसवले. तेव्हा लढाईला तोंड द्यावे लागले. भारताला फार प्रचंड यश मिळाले अथवा पाकिस्तान चारी मुंड्या चीत झाले अशातला भाग नाही. पण तरीदेखील भारतीय सैन्याने एकूण पाकिस्तानी लष्कराला चांगलाच धडा शिकवला यात शंका नाही. १९६६ च्या अंदाजपत्रकी चर्चेतील आपल्या भाषणात ह्या घटनांचा गौरवपूर्ण उल्लेख करायला यशवंतराव चुकले नाहीत. तरीदेखील युद्धसंचालन असो अथवा परराष्ट्रीय राजकारण असो यशवंतरावांना बरोबरीचा वाटा लालबहादूर शास्त्रींच्या कारकीर्दीतही मिळू शकला नाही.
भारत पाकिस्तान लढाईत लाहोर सियालकोट आघाडीवरील पाकिस्तानचे लष्करी दडपण कमी करण्यासाठी सिंधच्या दिशेने भारत सरकारने उंटावर स्वार झालेल्या सैनिकांच्या मदतीने नवीन आघाडी उघडली. पण हवाई दलाच्या पाठिंबाच्या अभावी त्या 'कॅमल कोअर'ची कत्तल करण्यात आली. भारताच्या युद्ध संचालनावरचा हा एक कलंक होता.
प्रारंभी म्हटल्याप्रमाणे संरक्षणमंत्री म्हणून नेहरूंच्या उत्तुंग व्यक्तिमत्त्वापुढे चव्हाण आपले प्रशासकीय गुण प्रकर्षाने प्रकट करू शकले नाहीत, हे सत्य आहे. काँग्रेसच्या अखिल भारतीय नेतृत्ववर्गात त्या काळता त्यांना महत्त्वाचे स्थान नव्हते. तेव्हा राजकीय नेते म्हणून ते चमकले नाहीत यात काहीच आश्चर्य नाही.
